Dalam menjalankan tugasnya, Kementerian Agama menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Buddha, dan Khonghucu, penyelenggaraan haji dan umrah, dan pendidikan agama dan keagamaan;
2. Koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama;
3. PengelolaanBbarang Milik/kekayaan Negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama;
4. pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Kementerian Agama;
5. pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian Agama di Kabupaten/Kota;
6. Pelaksanaan kegiatan teknis dari Provinsi sampai ke Kabupaten/Kota;
7. Pelaksanaan pendidikan, pelatihan, dan pengembangan di bidang agama dan keagamaan;
8. Pelaksanaan penyelenggaraan jaminan produk halal; dan
9. Pelaksanaan dukungan substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama.