Sejarah berdirinya Kantor Kementerian Agama Kota Pontianak tidak dapat dipisahkan dari perkembangan organisasi keagamaan di Kalimantan Barat pasca kemerdekaan Republik Indonesia. Pada awal masa kemerdekaan, urusan keagamaan di wilayah Kalimantan Barat, termasuk Kota Pontianak, belum dikelola secara mandiri. Pada kurun waktu antara tahun 1950 hingga 1957, seluruh urusan keagamaan masih berada di bawah naungan Jawatan Agama yang berkedudukan di Banjarmasin, Kalimantan Selatan.

Belum adanya struktur kelembagaan yang berdiri sendiri di Kalimantan Barat mendorong lahirnya langkah awal pengelolaan urusan keagamaan yang lebih terorganisir. Tahun 1951 menjadi tonggak penting dalam sejarah keagamaan di wilayah ini. Pada tahun tersebut dibentuk dua jabatan penting, yaitu:

• Koordinator Urusan Agama, dijabat oleh H. M. Akib
• Koordinator Penerangan Agama, dijabat oleh A. Mawardi Dja’far

Kedua tokoh ini bertugas menangani urusan keagamaan lintas agama yang mencakup Islam, Katolik, dan Kristen, sebagai bentuk inklusivitas dalam pelayanan keagamaan sejak awal.

Perubahan besar terjadi pada tahun 1957, setelah disahkannya Undang-Undang Nomor 25 Tahun 1956, yang menetapkan Kalimantan Barat sebagai provinsi. Status ini memberikan keleluasaan kepada daerah untuk membentuk struktur kelembagaan sendiri. Sejak saat itu, Kota Pontianak memulai pembentukan lembaga keagamaan secara mandiri, tidak lagi berada di bawah koordinasi Jawatan Agama di Banjarmasin.

Pada masa ini dibentuk beberapa unit kerja yang secara langsung berada di bawah koordinasi Departemen Agama Republik Indonesia, antara lain:

• Kantor Urusan Agama (KUA)
• Kantor Penerangan Agama
• Kantor Pendidikan Agama
• Bagian Urusan Agama Katolik
• Bagian Urusan Agama Kristen

Langkah penguatan struktur kelembagaan secara formal dilakukan setelah diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Nomor 53 Tahun 1971 tentang struktur organisasi, tugas, dan tata kerja instansi Departemen Agama di daerah. Berdasarkan keputusan ini, dibentuklah Kantor Perwakilan Departemen Agama Provinsi Kalimantan Barat, yang kemudian berkembang menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Kalimantan Barat.

Seluruh kantor urusan agama di tingkat kota dan kabupaten, termasuk Kantor Departemen Agama Kota Madya Pontianak, berada di bawah koordinasi Kantor Wilayah tersebut. Kantor ini menjadi representasi pemerintah pusat dalam pelaksanaan kebijakan dan pelayanan keagamaan di wilayah Kota Pontianak.

Dalam rangka efisiensi kelembagaan dan peningkatan mutu layanan publik, struktur organisasi Kantor Departemen Agama Kota Pontianak disesuaikan melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 373 Tahun 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota. Dalam kebijakan ini, Kantor Departemen Agama Kota Pontianak diklasifikasikan dalam typologi 1-E. Susunan organisasinya sebagai berikut:

• Kepala Kantor Departemen Agama Kota Pontianak
• Kasubag Tata Usaha
• Seksi Urusan Agama Islam
• Seksi Penyelenggara Haji dan Umrah
• Seksi Mapenda
• Seksi Pekapontren
• Seksi Penamas
• Penyelenggara Zakat dan Wakaf
• Penyelenggara Bimas Buddha

Pada tahun 2010, terjadi perubahan nomenklatur dari Departemen Agama menjadi Kementerian Agama, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2010. Sejak itu, nama lembaga resmi diubah menjadi Kantor Kementerian Agama Kota Pontianak. Perubahan ini memperkuat posisi institusi sebagai pelaksana kebijakan negara di bidang agama yang profesional, inklusif, dan berintegritas.

Selanjutnya, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2012, susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Pontianak mengalami penyempurnaan, yang terdiri atas:

• Subbagian Tata Usaha
• Seksi Pendidikan Madrasah
• Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
• Seksi Pendidikan Agama Islam
• Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah
• Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
• Penyelenggara Syariah
• Penyelenggara Buddha
• Kelompok Jabatan Fungsional

Struktur organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Pontianak kembali mengalami pembaruan melalui Peraturan Menteri Agama Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, yang diterbitkan pada 30 September 2019. Adapun susunan organisasinya adalah sebagai berikut:

• Subbagian Tata Usaha
• Seksi Pendidikan Madrasah
• Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
• Seksi Pendidikan Agama Islam
• Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah
• Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
• Penyelenggara Zakat dan Wakaf
• Penyelenggara Kristen
• Penyelenggara Katolik
• Penyelenggara Buddha
• Penyelenggara Khonghucu
• Kelompok Jabatan Fungsional

Dari koordinasi awal di bawah Jawatan Agama Banjarmasin hingga menjadi lembaga mandiri yang memiliki struktur lengkap dan inklusif, Kantor Kementerian Agama Kota Pontianak telah menjalani perjalanan panjang. Sebagai bagian dari instansi vertikal Kementerian Agama Republik Indonesia, kantor ini terus berkomitmen menjalankan tugasnya dengan semangat Ikhlas Beramal, dalam membina kehidupan beragama yang rukun, damai, dan harmonis di tengah masyarakat Kota Pontianak.