Saat ini MTs Negeri 1 Kota Pontianak dipimpin oleh Wiyana, M.Pd., yang terus mendorong peningkatan mutu pendidikan melalui pengembangan kompetensi guru, pembinaan prestasi peserta didik, serta penguatan budaya madrasah yang religius, disiplin, inovatif, dan peduli lingkungan. Berbagai prestasi akademik maupun nonakademik serta keterlibatan aktif dalam program-program pendidikan dan lingkungan menjadi bukti komitmen MTs Negeri 1 Kota Pontianak dalam mencetak lulusan yang unggul dan berdaya saing.